ファイルを「DF」で比較してみましたが、以下の6つのファイルが新しくなっていました。
xmlrpc.php
wp-admin/install-helper.php
wp-content/plugins/akismet/akismet.php
wp-includes/gettext.php
wp-includes/pluggable.php
wp-includes/version.php
これらのファイルを上書きしてバージョンアップは完了です。
[追記 2008/02/08]どうも英語版のことしか頭になかったようです。日本語版だと、更に
wp-content/themes/default/kubrick.pot
wp-content/languages/ja.mo
wp-content/languages/ja.po
wp-admin/includes/schema.php
これらが更新されているようです。